Pondok pesantren Hasan Jufri perintisannya dimulai sejak era KH. Hasan Jufri. Namun pada masa itu masyarakat masih menyebutnya dengan pondok Kebunagung. Bahkan banyak juga yang menyebutnya dengan Pondok KH. Hasan Jufri. Mereka menisbatkan nama pesantrennya dengan nama kampung atau pengasuhnya.
Pada tahun 1981, KH. Bajuri Yusuf menggantikan ayahnya dalam mengasuh pesantren. Sejak saat itulah beliau menamakan pesantrennya dengan nama " Pondok Pesantren Hasan Jufri ". Nama ini untuk menghormati perintis pertama yaitu KH. Hasan Jufri. Sekaligus sebagai bentuk rendah hati ( Tawadhu' ) KH. Bajuri Yusuf.
Pada saat belum ada bangunan pondok para santri memnempati kamar mushalla " Sabilul Huda". Seiring bertambahnya jumlah santri maka pengasuh membuat kamar kamar penggung disekitar Mushalla. Kamar kamar ini terus bertambah sehingga seperti gerbong kereta api.
Dan sekarang Pondok Pesantren Hasan Jufri sudah mengalami perkembangan yang sangat pesat. Saat ini lembaga pendidikan yang berada dibawah naungan Yayasan Pondok Pesantren Hasan Jufri sudah lengkap dari mulai MTs, MA, SMK, Dan Staiha. Saat ini juga sudah berdiri lebaga khusus Tahfidz.